Путевые листы и Акты списания ГСМ я храню в одной папке. На вашем месте, я бы и заборные листы хранила в той же папке, единственное что разделила их файликом, дабы при проверке предъявить только путевые листы, Акты или заборные ведомости по запросу проверяющих. К тому же вам самим будет удобнее, не будет необходимости искать кучу папок.
Докумаенты я подшиваю просто скоросшивателем, т.к. часто по работе появляется необходимость сделать ксерокопии каких-либо документов, а расшивать всю папку и потом сшивать опять как-то неудобно. к томуже даже при проверке инспектора могут попросить сделать кипии. У меня когда была проверка сказали, что главное, что документы скреплены (скоросшивателем) а не лежат в папке на завязках. Так что сэтим проблем не было.