Прошу прощения, я почему-то подумала, что у вас процедура банкротства+ реорганизация.Видимо Вы под ст.103

.
Имущество действительно освобождено от НДС.
Но когда вы его покупали и делали дополнительные затраты по инвестициям в ОС (достраивали) вы брали на зачет НДС, потому, что использовали данное имущество прямо или косвенно для облагаемых поставок и правомерность зачета не вызывала сомнений.
На сегодня у Вас сложилась такая ситуация, что ваше имущество
напрямую используется для необлагаемых поставок.И здесь прората не причем.
Когда-то Вы этот НДС зачли и заплатили в бюджет меньше по Вашим текущим обязательствам.Вы потихоньку этот зачетный НДС проели.И это нормальная ситуация.Ведь Вы производитель и даже если Вы продали продукцию с минимальной прибылью и имели зачет по материалам на затраты в части з/пл, соц и мед страхования никакого зачета вы не получали и НДС хотя бы на эту стоимость при отсутствии прочих факторов по идее надо ежемесячно доплачивать.Теперь - со стоимости продажи - вы не начисляете НДС (эта стоимость не облагается, несмотря на то, что она может быть и выше остаточной стоимости).Но та остаточная , недоамортизированная стоимость, т.е. стоимость приобретения за - износа - на нее НДС должен быть восстановлен по требованиям ст.102 (2)
Очень трудно заставить себя говорить. Труднее - заставить себя молчать. Еще труднее - заставить себя думать. Но самое трудное - это заставить себя чувствовать. - Д. Х. Джебран