Мне не очень понятен ответ, поэтому изложу ситуацию так:
Налоговая в настоящее время производит проверку на нашем предприятии, начиная с 2007 года по настоящее время.
Мы арендуем у физического лица здание для производственных целей. В договоре аренды предусмотрено что любой ремонт производиться за счёт арендатора.
В 2007 году был произведён капитальный ремонт крыши здания, в котором проиходит процесс производства.
15% расходов на ремонт крыши отнесены на вычеты, остальные 85% не относены на собственность на которую начисляется износ.
Сегодня, при проверке, Налоговая говорит о том, что наше предприятие обязано было выписать налоговую накладную Арендодателю на всю сумму ремонта, а так как этого не было сделано своевременно, то она доначисляет нам НДС на всю сумму произведенного ремонта.